Eskiçağlardan beri önemli bir liman kenti olarak bilinen, Türklerin Ayasuluğ olarak adlandırdıkları ve XX. Yüzyıl başlarına kadar da bu isimle gelen, bugün Selçuk olarak bildiğimiz Batı Anadolu’nun bu önemli şehri, Ortaçağ İslam dünyasında Efesis, Ufsus şeklinde anılmaktaydı. Şehrin ismi daha sonraları Altouogo, Altologo, ve Latologo şeklinde de kullanılmıştır. XVIII. yüzyılın meşhur gezgini Tournefort,  bu adın İncilden geldiğini, Rumların Ayios Theologos (İlahiyatçı Aziz) yerine Ayios Skologos adını kullandıklarını ve buradan da Ayasuluk’un türemiş olduğunu ifade eder
İstanbul’un 1261 senesinde Haçlılardan geri alınması, ardından Denizli yöresindeki Türkmen isyanı, Batı Anadolu’da yaklaşık yarım yüzyıl devam eden dengeleri bozmuştu
Bu süreçte Türkmen gruplar, Menderes havzasına yönelerek, bölgenin fethine başlamışlardı. Öncelikli olarak Menteşe Bey ve Germiyan beylerini bu mücadeleler içerisinde görmekteyiz. 
Menteşe Bey, Sasa Bey ile beraber Küçük Menderes bölgesine hâkim idi. Bizans İmparatorluğu’nun bütün engel olma gayretlerine rağmen, Türkmen ilerleyişi engellenememiş, 1300’lü yılların hemen başında, bölgede siyasal olduğu kadar nüfusça da Türk hâkimiyeti dönemi başlamış idi. Dukas bu gelişmeleri şöyle nakleder …. Asyanın meşhur şehirlerinden biri olan Efesos (Efes) ve Karia Eyaleti Muntahia (Menteşe) tarafından ve İzmir’e kadar Lidia Eyaleti Atın (Aydın) tarafından Pergama’ya kadar Magnisa ve bütün Magedon Eyaleti Saruhan tarafından bütün Firigia Eyaleti Germiyan tarafından Asu şehrinden başlayan ve Çanakkale’ye kadar imtidâd eden Büyük Frigia Karesi tarafından Bitinia kâmilen ve Paflogonya kısmen Osman tarafından zabt olundu. İsimlerini yukarıda zikrettiğimiz kimseler Türk başbuğları idiler.
Wittek, Türklerin korkusundan Efes’ten Girit’e kaçmış bir kâtibin notlarına dayanarak, Efes’in Sasa kumandasındaki kuvvetler tarafından 25 Ekim 1304 tarihinde fethedildiğini kaydediyorsa da Efes’in Aydınoğlu Mehmed Bey tarafından fethedildiği, Düstur-nâme’den anlaşılmaktadır:

Sasa Beğ derler idi bir gazi er
Gelmiş Aydın iline evvel meğer

Evvelâ ol Birgi’yi feth eylemiş
Aydınoğlu’nu getirmiş toylamış

Aydınoğlu Ayasuluğ’a gelüb
Fetheder hem dâiresini alub

Çok kilise mescid etti ol emir
Gazi Mehmed Beğ sahada bî-nazîr

Düstur-nâme’den yaptığımız bu alıntıda, Sasa Bey, Birgi civarına geldiğinde, Aydınoğlu Mehmed Bey’in onun hizmetinde olarak Ayasuluğ’u fethettiği nakledilmektedir.
Şehir fethedildikten sonra, her ne kadar, etrafında çok miktarda Türkmen gruplar, yarı yerleşik hayatta bulunuyorlar ise de, şehir uzun zaman kale-şehir hüviyetini korudu. Kale içinde, bugün hâlâ ayakta olan şehrin ilk Cuma camisi, bu yılların hatırasını yansıtmaktadır.
Aydınoğulları, şehri ele geçirdikten sonra, Ayasuluğ’un bir liman şehri olması dolayısıyla, Batılılar ile ticârî ilişkiler geliştirmekten uzak durmamışlardır. Tespitlerimize göre, Aydınoğullarının Batılılar ile ilk antlaşması, Venedik ticaretini Aydın sahasına yaymak maksadıyla,  9 Mart 1337 tarihinde imzalamıştır. Antlaşmayı, Umur Bey nezdine gönderilen Girit Dükası Giovanni Sanudo ile, yine Umur Bey’in verdiği yetki üzerine Ayasuluğ hâkimi Hızır Bey imzalamışlardır.
Antlaşma hükümlerine göre, Aydınoğulları bir yıl süre ile Ege civarındaki donanma faaliyetlerini durduracaktı. Modon, Koron ve Negroponte ile Venedik tebasında bulunan herkes, ülke sınırları içerisinde serbestçe ticaret yapabilecekti. Ayasuluğ’da Venediklilerin oturacakları ve ticaret yapabilecekleri özel yerler ile ibadet yapabilecekleri kilise açılması da ön görülmekte idi. Ayrıca bölgede ticaret yapanları kontrol etmek üzere, Ayasuluğ’da bir Venedik konsolosu bulunacaktı. Bu konsolos, Venedik kolonisini yönetmek dışında, Venediklilerle ilgili her çeşit dava ya da özel yargılama ve cezalandırma yetkisine sahip olacaktı

Bölgenin Osmanlılar Tarafından Ele Geçirilmesi
Gazi Umur Bey’in şehîd olması üzerine, Ayasuluğ hâkimi bulunan Hızır Bey, beyliğin emiri olmuş ve bu dönemle beraber, Aydınoğulları Beyliği zayıflama sürecine girmiştir. Yukarıda ifade edilen antlaşma süreçleri, bu zayıflamaya da işaret etmektedir. Hızır Bey’in döneminde, beylik merkezi, kendi tasarrufunda bulunan Ayasuluğ’a taşınmıştır. Hızır Bey’in ölümünün ardından yine Ayasuluğ’da hüküm sürecek olan İsa Bey, emir olmuştur.
Bu sıralarda Osmanlılar Rumeli ile meşgul olduklarından, Anadolu beylikleri ile dostane geçinmekte idiler Ancak bu iyi ilişkiler, Balkanlarda fetihlerle uğraşan Osmanlı gücünün, mutlaka Batı Anadolu’da da hâkimiyet kurmak isteyeceği, dolayısıyla bu dostane atmosferin geçici olduğu fikrini hep beraberinde taşımıştır.
Bayezid bu durum üzerine, Rumeli’yi güvence altına alarak Anadolu üzerine sefere çıktı ve bu sefer sonucunda Aydın İli ve Ayasuluğ’u ele geçirdi.
Ayasuluğ’un Osmanlı hâkimiyetine geçmesinden sonra, İsa Bey’in burada kalmasına izin verilerek, bir kısım arazi ve vakıflarının idaresi kendisine bırakılmıştı. Ancak, artık hutbeler Bayezid adına okunacak ve sikkeler Bayezid adına kesilecek idi. 
Osmanlı-Timurlu rekabetinin 1402 senesinde Ankara Savaşı’nda Osmanlıların mağlubiyeti ile noktalanması Batı Anadolu’daki eski Türkmen beylikleri toprakları üzerindeki Osmanlı hâkimiyetini de etkiledi. 
Timur’un bu zaferinin ardından, Osmanlılar tarafından ele geçirilen beylik arazileri, yeniden hânedan ailelere teslim edilir. Esasen bu hanedanların mensupları, savaş sırasında Timur’un saflarında bulunmaktaydı. Bu iâde sırasında, Aydınoğlu Beyliği’nin aileden Musa Beğ’e mi, kardeşi Umur Beğ’e mi verildiği, yoksa Ulu Beğ sıfatıyla Musa Beğ bulunmak üzere, her ikisi arasında taksim mi edildiği konusunda açıklık bulunmamaktadır. Ancak kesin olan bir şey vardır. O da Musa Beğ’in ölümü ile 1403 senesinde Aydın İli’ne, II. Umur Beğ tamamen hakim olmuştur.
Cüneyd Beğ, II. Umur’un ölümü üzerine Aydın civarına hâkim olur ve Alaşehir, Salihli ve Nif’i Aydın İline bağlar.
Cüneyd Beğ, Aydın bölgesindeki konumunu sağlamlaştırmak için, daha sonra Osmanoğulları arasındaki taht mücadelelerine de katılır. Cüneyd Beğ, Bu mücadele esnasında çok zaman, hezimete uğramış ise de bir şekilde kendisini bağışlatmayı bilmiştir.
İlk olarak, Şehzade Mehmed ile mücadele eden Şehzâde İsa’nın kendisine sığınması üzerine, Saruhan ve Menteşe Beylerinin de yardımı ile O’nu korumuş idi. Çelebi Mehmed’in bu ittifakı yenmesi üzerine, af dileyerek Çelebi Mehmed tarafına geçmiş ve böylece hakimiyetini de sürdürmüştür.. Ardından Süleyman Çelebi, Edirne’den kalkarak Aydın taraflarına gelmiş, Cüneyd Beğ Ayasuluğ’u muhafaza için Germiyan ve Karamanoğulları ile ittifak etmiş ise de, Emir Süleyman’ın 20.000 kişilik kuvvetine karşı direnemeyerek, mağlup olmuş ve kendisine iltica ederek bağışlanmasını dilemiş idi. Emir Süleyman’ın 20.000 kişilik kuvvetle, Ayasuluğ’da Cüneyd Beğ ile mücadelesi, şehrin harabiyetinin önemli sebeplerinden birisi olmalıdır. 
1424 sonrasında, Sultan II. Murad Anadolu üzerine yöneldi. Menteşe, Aydın ve Saruhan İllerini zaptetti. Ancak Cüneyd Beğ, kaçarak önce İzmir’e daha sonra İpsili Kalesi’ne sığındı. 
Üzerine gönderilen Anadolu Beylerbeyi Hamza Beğ kumandasındaki Osmanlı kuvvetlerine karşı direnemeyerek teslim olan Cüneyd Beğ, ailesiyle beraber idam edilmişlerdir. Böylece Aydın İli 1426 senesinde, tamamen ve kesin olarak Osmanlı hâkimiyetine girmiştir.
Osmanlı Ayasuluğ’una ilişkin XV. yüzyılın ilk çeyreğine ait yazılı kayıtlar olmakla beraber şehir hakkında ilk düzenli bilgiler 1478 tarihine âittir. Bu tarikten sonra yaklaşık XVII. yüzyıl ortalarına kadar şehrin sosyal ve ekonomik durumunu çok teferruatlı rakamlarla takip edebilmekteyiz. 
Şehrin 1478 yılındaki mahalleleri Burak Beğ, Penbegân, Kadı, Yegân ve Şeyhlü, Kayacık ve Beğ Hamamı, Kemer, Bengi Süle, Satılmış Fakih, Kubbe Mescid ve Şâdgâm, Hatib ve Saru Sinan, Kara Fakih, Küffârân-ı Eski Hisar ve Beğ Hamamı, Küffârân-ı Hisar Yakası şeklinde 13 başlıkta toplanmıştır. Bu tarihlerde şehrin nüfusu yaklaşık 400 hâneden oluşmakta olup tahmîni nüfusu da 2.000–2.500 civarındadır.
Şehri benzer verilerle 1575 yılına kadar takip ederiz. Ancak bu tarihten sonra, çok köklü bir değişimin yaşandığı muhakkaktır. 1630 yılına ait bir arşiv kaydında şehrin çehresinin tamamen değişmiş olduğu görülür. Hatta mahalle isimleri bile değişmiştir. Bu tarihte şehirdeki mahalleler Cum’a, Tahtelkal’a, Kubbe, Şeyh, Alaca, Kemer, İmaret ve Kuyumcu isimleri ile 8 tanedir.
Bu yıllar Ayasuluğ’daki mahalle yapılanmasını gördüğümüz hemen hemen son dönemlerdir. Devam eden zamanlarda şehirdeki harabiyet had noktaya varacak, Küçük Menderes’in taşkınlarıyla şehir bir bataklık haline gelecek ve elbette bu süreçte tarihsel birikimini de büyük oranda kaybedecektir.